Wybuchło wówczas wielkie prześladowanie w Kościele jerozolimskim. Wszyscy, z wyjątkiem Apostołów, rozproszyli się po okolicach Judei i Samarii (Dz 8, 1).
Kościół jerozolimski był poddany okrutnemu prześladowaniu w pierwszych latach po zmartwychwstaniu Jezusa i zesłaniu Ducha Świętego. Kościół w Jerozolimie szybko się rozrastał i przyciągał uwagę władz żydowskich i rzymskich. Władze religijne, szczególnie faryzeusze, nie akceptowały nauk i nauczania apostołów, a władze rzymskie obawiały się, że rosnąca popularność Kościoła może naruszyć stabilność i porządek publiczny. Doszło do aresztowań (np. św. Piotra), a nawet męczeństwa wielu chrześcijan (np. św. Jakuba).